La fundación de Zongozotla fue realizada por asentamientos totonacas y otomíes. A finales del siglo XV fueron sometidos por la "Triple Alianza" (México-Texcoco-Tlacopan) quedando como tributarios de Texcoco. Al consumarse la Conquista Española sufrió las consecuencias de ésta. A finales del siglo XIX pertenecía al antiguo Distrito de Tetela; figura como municipio libre en 1895.
La cabecera municipal es el pueblo de Zongozotla de Bonilla en honor del ilustre liberal y Gobernador del Estado de Puebla, Juan Crisóstomo Bonilla.
CodeEFac: Zongozotla para Puebla, de Puebla para el mundo, café de altura, presente en el 162 aniver
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