Zacapala es un asentamiento humano que remonta al siglo IX cuando fue ocupado por tribus de origen mixteco y popoloca.
La iglesia de San Juan Evangelista fue concluída en el año de 1700. El archivo eclesiástico se conserva a partir de 1842. El registro civil se fundó en 1872. Se erige en Municipio Libre en 1872.
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