Naupan de las voces nahuas: "nahui", cuatro; "atl", agua, y "pan", sobre; significa "Sobre cuatro ríos o aguas".
A este lugar, por el que corren cuatro ríos, llegaron grupos totonacos para establecerse y fundar el poblado que antiguamente se llamo Nexpan; "Sobre las cenizas". En 1750 estuvo bajo la jurisdicción eclesiástica de Huauchinango. En 1895 se constituye como municipio libre.
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