La población es de origen náhuatl y totonaco; este asentamiento dió origen a un pueblo edificado en el fondo de un profundo barranco, cauce del río Totolapa; dicho pueblo Necaxa, significa "Agua que no merma o afloja". Y éste se deriva del náhuatl "nemi" que significa "habitantes del cajete de agua, moradores de la concavidad del río" Al aprovecharse la orquedad del barranco, se construyó la presa Necaxa en 1900, quedando sepultado bajo sus aguas el pueblo original. Junto a la presa se erigió un nuevo pueblo que se llamó Nuevo Necaxa de Canadita, en terrenos de Yuancuitlalpan, perteneciente a Huauchinango.
En 1903, se organiza "The Mexican Lighland Power Company Limited" con capital canadiense y se inician los trabajos de explotación del agua en toda forma.
En 1905, los nativos son desalojados del pueblo Necaxa y se les acomoda en Canaditas; muchos de ellos inconformes, se remontan al cerro "Tlacuayantecuate" y forman el pueblo "Xococotlale": El Presidente Porfirio Díaz, visita necaxa. El 3 de diciembre empezó a funcionar la hidroeléctrica Necaxa, siendo la primera que se estableció en America Latina con fines de venta de energía eléctrica proporcionando sus servicios a la Ciudad de México.
El 26 de enero de 1928, segregándole territorio al municipio al que pertenecía fue constituido como municipio, sin embargo este decreto fue derogado volviendo a su categoría de pueblo perteneciente a Huauchinango. Por fin, el 11 de septiembre de 1936 es elevado por segunda vez como Municipio Libre con el nombre de Juan Galindo, quien fue un liberal nacido en Huauchinango, que combatió contra los conservadores y la intervención francesa. La cabecera Municipal es el pueblo de Nuevo Necaxa.
El 29 de noviembre de 1933, por iniciativa del Ejecutivo Federal, el Congreso de la Unión autorizó la creación de la Comisión Federal de Electricidad.
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