Durante la época prehispánica, Tapalpa perteneció al señorío de Tzaollan, Zaulán o Sayula que era gobernado por Cuantoma.
El cacicazgo de Tlacpacpan tenía bajo su tutela a un pequeño poblado de muy pocos habitantes llamado Juanacatlán, que significa 'Lugar de cebollas'.
Esta región estuvo habitada por los otomíes. En 1510, Tapalpa participó en la Guerra del Salitre, al lado de Cuantoma, contra los purépechas de Tangoaxán II, quien pretendía apoderase de las playas de salitre del cacicazgo de Zacoalco.
Vencidos en Acatlán y cuando Cuantoma estaban por someterse a los purépechas, se apersonó el Rey de Colima con un numeroso ejército, obteniendo la victoria. El monarca colimote avasalló luego a Cuantoma, pasando Tapalpa y Juanacatlán a pertenecer al reino de Colima.
En Tapalpa, Juanacatlán y la región de la sierra conocida como Los Altos, se rendía culto a Atlquiahuitl, 'Dios de las aguas', al que representaban en forma de gavilán.
Hacia 1523, los españoles llegaron a la región encabezados por Alonso de ávalos Saavedra, el viejo. Los conquistadores se encontraron con un pueblo de indios llamado Atlacco, localizado a 3 leguas de donde se encuentra actualmente Tapalpa; llevaron a cabo su colonización al no encontrar resistencia de los aborígenes quienes 'se dieron de paz'.
Poco después de la colonización, entre los años de 1531 y 1532, dio inicio la evangelización, los encargados de cumplir esta tarea fueron los franciscanos Fray Martín de Jesús (o de la Coruña), Fray Juan de Padilla, Fray Miguel de Bolonia y Fray Andrés de Córdoba.
En 1650 se fundó la cabecera de doctrina en Tapalpa, junto al convento y al templo de San Antonio de Padua.
En 1825, aparece registrado como pueblo con ayuntamiento y, desde ese año, perteneció al 4° cantón de Sayula que comprendía a los pueblos de Ataceo y Apango. El decreto del 25 de mayo de 1869 ya se mencionaba a Tapalpa como municipalidad, lo que indica que su creación como tal fue anterior a la fecha señalada.
El decreto número 529, publicado el 11 de mayo de 1878, concedió al pueblo de Tapalpa el título de Villa.
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