Durante la época prehispánica, perteneció a Zaulán (Sayula) y luego al reino de Colima. Sus habitantes hablaban mexica y tenían por dios un gavilán que se hallaba pintado y esculpido en las rocas.
Esta región fue invadida por las huestes tarascas que se querían apoderar del territorio para explotar las playas salitrosas, motivando con ello la "Guerra del Salitre" que duró desde el año de 1490 a 1510, cuando los tarascos fueron expulsados de esta tierra por los guerreros del rey de Colima.
En 1522 arribaron Alonso de Avalos y Juan Alvarez Chico quienes conquistaron la región, en la que se encontraba comprendida Amacueca, a la que se dio el nombre de provincia de Avalos.
En 1547, el franciscano Simón de Bruselas hizo edificar un convento y una iglesia, continuando la evangelización de los naturales, iniciada hacia 1535 por fray Juan de Padilla.
Durante la independencia, José Antonio Torres, estuvo comisionado para organizar las fuerzas en el sur de la entidad, para lo cual reclutó aborígenes de este lugar. Al ser tomada la Plaza de Atoyac por los hermanos Francisco y Gordiano Guzmán en 1811, contaron con el auxilio de una compañía de lanceros de Amacueca.
En 1825 Amacueca pertenecía al cantón de Sayula y contaba con ayuntamiento subordinado al pueblo de Tepec.
El 17 de febrero de 1835, el Congreso ordenó que el pueblo de Techaluta, que pertenecía a la municipalidad de Zacoalco, se incorporara a Amacueca. El 13 de marzo de 1837 se decretó que Amacueca y sus pueblos se integraran al primer partido del Distrito de Sayula, confirmándose este decreto el 6 de octubre de ese mismo año.
En el decreto número 509 de septiembre de 1877, ya se menciona a Amacueca con categoría de municipio.
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