En el año de 1530 pasó por aquí en su viaje de Cuitzeo a Tepic, el capitán español Pedro Almíndez Chirinos que había sido enviado por Nuño de Guzmán para tomar posesión de las tierras y agregarlo a su conquista, que llegó a formar la mayor parte de la Nueva Galicia.
Existe la versión de que el 20 de noviembre de 1562 pasó a ser pueblo español, a solicitud del capitán Pedro de Avalos y Montiel, vencedor de los cazcanes y fundador de varios pueblos de la región.
Desde 1825 Huejúcar tenía Ayuntamiento, y pertenecía al 8º cantón de Colotlán. En el decreto del 13 de marzo de 1837 se establece que Huejúcar pertenece al departamento de Colotlán.
Por decreto número 27 publicado el 9 de noviembre de 1861, Huejúcar se erige en municipalidad. Y por decreto número 368 publicado el 24 de septiembre de 1873 se le concedió el título de villa.
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