El Grullo perteneció al señorío de Autlán que al arribo de los conquistadores gobernaba Copaya. Sus pobladores estuvieron asentados cerca del arroyo El Colomo.
La región fue conquistada en 1524 por Francisco Cortés de San Buenaventura.
Primitivamente el poblado se llamó Santa María de Guadalupe de El Grullo. A principios de 1800 llegó el primer grupo de personas de Zacapala. El núcleo de población quedó definitivamente formado en el año de 1830.
Los pocos habitantes que aún estaban en el asentamiento original del poblado, en las cercanías del arroyo El Colomo, emigraron a un lugar cercano que al paso de los años sería la Hacienda de Zacate Grullo, llamada así por la yerba con ese nombre que crecía en sus pantanos.
Por decreto número 915, publicado el 29 de septiembre de 1900, la Congregación de El Grullo fue elevada a comisaría política y judicial; perteneciendo al 6° cantón de Autlán.
La comisaría de El Grullo fue elevada a la categoría de municipalidad según decreto número 1,528 publicado el 14 de diciembre de 1912.
El 1° de enero de 1913 inició sus labores el primer ayuntamiento que tuvo este municipio siendo presidente el señor Urbano Rosales.
El decreto número 7780, publicado el 27 de diciembre de 1962, otorga el título de ciudad a la población de El Grullo como reconocimiento al patriotismo, laboriosidad y civismo de sus habitantes.
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