Por los hallazgos de piezas de barro principalmente, consideradas del estilo llamado de '€œpastillaje'€ se sitúa esta población entre los horizontes Preclásico y Clásico, se cree que los primeros moradores fueron los otomíes. Posteriormente pasaron por este lugar varias corrientes migratorias, mencionándose los teochichimecas, mexicas, acoluas, tecos, popolacas, tepehuanos y otoncas; y de los que se tiene más certeza, por los vestigios arqueológicos, son los toltecas quienes permanecieron poco tiempo por esta región; llegaron más tarde los chichimeca, luego los zapotecas y, finalmente, en el horizonte Histórico, los purépechas o tarascos.
De su forma de vida poco se sabe, sus habitantes profesaban la religión politeísta y para su servicio cotidiano y ritual acudían al centro ceremonial Tenamaxcatitlán; su lengua era monosilábica y primitivo su vestir; aprendieron cómo hacer fuego, fabricaron recipientes de barro, descubrieron el ocote, usaron como armas: arcos, rodelas, flechas y porras.
Usaron el metate llamado '€œhuilanchi'€Â; el molcajete de piedra y barro; conocían las propiedades curativas de las plantas y, probablemente, aprendieron de los aztecas la elaboración de la miel de maguey.
Esta población fue descubierta y conquistado por el capitán Cristóbal de Olid y Juan Rodríguez Villafuerte durante el invierno de 1521 a 1522.
En 1523 el conquistador Alonso de Avalos llegó al lugar, quedando sujeto a la Provincia de Avalos.
En el tiempo de la colonia, hacia 1585, se menciona con el nombre de San Sebastián, infiriéndose que este fue adoptado merced a la influencia evangelizadora realizada por los frailes franciscanos que pernoctaron muchísimos años por estos lugares.
En el año de 1869 San Sebastián fue elevado a la categoría de municipio, conservando el nombre al que se le agregó, según la división política de aquel entonces, el de Noveno Cantón. En el decreto del 1o. de mayo de 1886 donde se indica la División Política y Territorial del Estado, ya se menciona a San Sebastián como municipalidad. En 1939 la cabecera cambió de nombre por el de Gómez Farías, no así el municipio que siguió llamándose igual. La disposición se publicó el 23 de noviembre de 1939 y en ella se indica que 'la población de San Sebastián ex-9o Cantón llevará en lo sucesivo el nombre de Gómez Farías'.
El cambio de nombre (a Gómez Farías) se realizó bajo decreto No. 4590 expedido por el H. Congreso del Estado siendo Gobernador Constitucional el C. Silvano Barba González. El nombre se le dio en honor al que fuera Presidente de la República y gran reformador jalisciense el Dr. Valentín Gómez Farías; y el 10 de octubre de 1983, por decreto No. 11266, tanto la cabecera como el municipio adoptaron el nombre de Gómez Farías para todos los efectos de Ley.
El 17 de diciembre de 1997 bajo decreto No. 17043 el H. Congreso del Estado decreta: a la cabecera municipal de Gómez Farías, Jalisco, se le denominará en lo sucesivo '€œSan Sebastián del Sur'€Â, como originalmente era conocido, sin que se afecte el actual nombre del municipio.
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