Fundado por grupos totonacas, tepehuas y otomíes, fue sometido por Texcoco. Al ser conquistada por los españoles, perteneció a la Corona Real, con beneficio para Chicontepec. Era pueblo cabecera del Obispado de Puebla a fines del siglo XVI.
En 1750 estuvo bajo la jurisdicción eclesiástica de Huauchinango. En 1895 figura como Municipio Libre.
Inicialmente se llamo San Juan Pantepec, después Jalpantepec y finalmente se independizó de Jalpan y se llamó Pantepec.
El 15 de marzo de 1899, se trazo la línea divisora de Ixhuatlán, Veracruz y Pantepec.
La cabecera municipal es el pueblo de Pantepec. En 1913 fue incendiada la población por tropas huertistas.
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