La región fue ocupada por grupos otomíes, 300 años A.C. En el siglo V, D.C. florece la cultura totonaca procedente del Tajín.
Huemac, soberano del Imperio Tolteca, en el año 1120, consuma la conquista de Xicotepec; cinco meses después, los chichimecas se apoderaron del lugar permaneciendo hasta 1162, fecha en que los totonacos de Metlaltoyuca reconquistan el territorio. Por 1325 los acolhuas, guiados por Tlachotla, invaden Xicotepec. En 1432 Netzahualcóyotl, el Rey Poeta de Texcoco, designó a Quetzalpatzin, Tlacatecutli de Xicotepec a quien le tributaban con plumas de aves.
La deidad principal fue Xochipilli, Dios protector de las artes, inventor del hilado y del tejido.
Como rasgo sobresaliente destaca el hecho de que Xicotepec fue el primero en usar la escala musical pentafónica en el Anáhuac.
Los españoles fundan San José Xicotepec, el 1 de enero de 1570. Agustín de Villanueva dispuso que el Distrito comprendiera Tamiahua, Jalpan, Pahuatlán, Xicotepec.
Cristóbal Maldonado, enconmendero real, cobraba a 954 tributarios 8 ½ reales por fanega de maíz anuales a cada uno.
Fray Juan de Zumárraga impuso como santo patrono a San Juan Bautista, un 24 de junio.
Los Franciscanos dirigieron la construcción de la Capilla y la Parroquia.
Se erigen también, en el siglo XVI, la Casa de Postas, Casa de Comercio, Aposento de Juan de Zumárraga y la Casa Real.
Los Agustinos llegarón en 1571, estableciéndose en el monasterio que erigieron (desaparecido), actualmente está la parroquia que terminaron los franciscanos el 24 de junio de 1772. Los dominicos estuvieron hasta 1795. Esta parroquia perteneció, desde sus inicios a la Diócesis de México, actualmente pertenece a la Diócesis de Tulancingo, Hidalgo.
En el siglo XVII, Carlos III, Rey de España, crea el Ducado de Atlixco, designado a uno de los Hernández de Valladares, Márquez de Moctezuma y Duque de Atlixco, que abarcaba Atlixco, Tepeaca, Huauchinango y Xicotepec. Asonada el 2 de marzo de 1829.
Sus habitantes participaron en la lucha por la Independencia, y en contra del imperialismo Francés, en ésta, figuran acciones de armas de Juan Galindo.
Durante la Revolución Mexicana se formaron regimientos dirigidos por el General Lindoro Hernández, Tte. Corl. Valderrábano y Tte. Corl. Lazo de la Vega.
Al ser muerto en Tlaxcalantongo, el General Venustiano Carranza, fue trasladado su cadáver a Xicotepec y embalsamado. El ataúd fue cubierto con la Bandera Nacional de ésta ciudad y así llegó a la ciudad de México.
En 1953 se separa del Distrito de Huauchinango.
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