Su fundación se remonta a la época prehispánica por grupos popolocas, chochos y mixtecos, que buscaron en el Valle de Tehuacán, su asentamiento. Fue cuartel general del revolucionario constitucionalista, Francisco Barbosa. Su territorio perteneció al antiguo Distrito de Tehuacán y en 1895 se constituyó como municipio libre. La cabecera municipal es la Villa de Ajalpan.
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