Los primeros pobladores de la región de Tlachichuca, fueron asentamientos humanos de totonacos y nahuas; donde se refugiaron en las faldas del volcán Citlaltépetl (Cerro de la Estrella).
Después de la conquista de México, fue controlada por los españoles, convirtiéndose en un pueblo colonial, este lugar adquiere el nombre de Santa María de la Peña Tlachichuca. En mayo de 1807 los lugareños solicitan al Virrey procurador de la municipalidad de Tepeaca a la cual pertenecía, la formación del fundo legal de Tlachichuca, quitando el nombre de Santa María de la Peña Tlachichuca.
Perteneció al antiguo distrito de Chalchicomula y en 1895 por decreto del supremo gobierno se nombra como municipio libre, quedando solamente el nombre de Tlachichuca.
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