El 17 de junio de 1857, el Congreso del Estado creó el municipio segregándolo de Jiménez, al cual pertenecía. La cabecera municipal tuvo su origen en la antigua misión franciscana, fundada en 1619, abandonada después por la intranquilidad que los tobosos sembraron en la región.
En la misma forma hicieron huir en 1671 al capitán Andrés de Hierro, quien intentó recobrar el lugar, con el nombre de Atotonilco (Agua Caliente, en náhuatl), en razón de su vecindad con el río Florido.
La misión renació en el siglo XVIII y los franciscanos lo llamaron San Buenaventura de Atotonilco. El 20 de mayo de 1868, recibió el nombre de Villa López, en honor del parralense, capitán Octavio López, quien falleció luchando en el combate de Talamantes contra las tropas del general Domingo Cajén, el 19 de enero de 1860.
Atotonilco, población que hoy se llama Villa López y es cabecera del municipio de su nombre, fue ocupada el 9 de abril de 1866 por una sección de trescientos soldados franceses mandados por el Teniente coronel Albicy. El mismo día en la tarde mandó reunir a los vecinos, les notificó que debían desocupar el pueblo dentro de un término perentorio, con sus respectivas familias y llevar provisiones para tres días.
En la mañana se mandó incendiar y solo escaparon del siniestro la iglesia y la casa del cura. A la vez previno a los moradores que no intentaran volver a radicarse allí, bajo la pena de ser fusilados por ser enemigos del imperio. La causa del disgusto fue que el coronel Vázquez había iniciado allí el mandamiento republicano correspondiente a la región sur del estado.
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