Desde el inicio del siglo XVIII, los franciscanos ocuparon la región y evangelizaron a tribus indígenas de los conchos, a quienes no pudieron someter.
En 1687 se sometió al régimen de Presidio Militar; en 1820, de acuerdo a la Constitución de Cádiz, eligió su ayuntamiento. Formó parte del Partido de Allende (1826); de la Subjefatura de Jiménez (1837); y del Cantón de Jiménez (1847)
El nombre original de la cabecera fue San Francisco de Coyamus, fundado
en 1604 por el franciscano Alonso de la Oliva a orillas del río
Conchos.
En 1645 la misión fue destruida por los indígenas quienes
asesinaron a los misioneros Tomás de Zigarán y Francisco
Labado.
El licenciado López de Sierra y Osorio, gobernador de la Nueva Vizcaya, mandó repoblarla en 1677, con el nombre actual.
Al crearse en 1867 el presidio se cambió el asiento de la misión al pueblo que llamaban Guadalupe, en donde hoy se levanta la población.
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