La región fue sometida por los misioneros de la Compañía de Jesús en el último tercio del siglo XVII. Adquirió la categoría municipal en 1820.
Su cabecera municipal fue fundada en la margen derecha del río Nonoava, en el año de 1676 por el misionero jesuita Francisco Arteaga con el nombre de Nuestra Señora de Monserrat de Nonoava.
En 1749 el Subdelegado Real de Tierras, D. Manuel Güemes, le midió al pueblo veintidós sitios de ganado mayor con carácter de ejidos.
En octubre de 1876 el Coronel Joaquín Terrazas con fuerzas del estado derrotó a una partida de tuxtepecanos en el pueblo de Nonoava, quienes después de la derrota del Rancho de Ávalos habían tomado ese rumbo; después de la derrota, los dispersados se retiraron en dirección a Durango.
El despojo cometido por las autoridades del pueblo de Nonoava de algunos terrenos pertenecientes a los indígenas de la región originó el pronunciamiento de éstos en noviembre de 1876, encabezados por Don Rafael Ochoa y Flores.
El gobernador Samaniego comisionó a Don Patricio Gómez del Campo para tratar con los descontentos; las cosas se arreglaron satisfactoriamente, mediante la devolución de sus terrenos a los indígenas.
El 1º de febrero de 1911 el Mayor José Domínguez Guevara con tropas federales pertenecientes al séptimo regimiento de caballería derrotó a una partida de revolucionarios que mandaba el Coronel Julián Granados; el saldo de esta acción de guerra fue de dieciocho muertos.
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