La región estuvo asolada en el siglo XVIII por los apaches y comanches, quienes en sus correrías cometían crímenes y robos, situación que se agudizó en 1770.
En 1771 llegó el Coronel de O´Connor, con el carácter de Comandante Inspector de Presidios Militares, de las Provincias de Nueva Vizcaya, Nuevo México, Coahuila, Texas y Sonora; y en 1773, fundó el Presidio Militar de San Carlos de Cerro Gordo, régimen que se modificó en 1826, cuando constituyó una Sección del municipio de Ojinaga.
Las minas de Sierra Rica fueron denunciadas en 1828, por el capitán Ignacio Ronquillo y las de San Carlos en 1885 por don Juan N. Zubirán; llegaron éstas a adquirir tal prosperidad que el Congreso del Estado, creó el municipio el 1º de diciembre de 1937. Se le dio su nombre en honor al revolucionario, mayor Manuel Benavides nativo del lugar, quien murió en 1913 luchando en Ranchería Ahumada, contra los huertistas.
En 1835 el presidente Barragán autorizó al gobernador Calvo, a instalar dos primeras aduanas fronterizas; una en Juárez y otra en San Carlos, la cual posteriormente se cambió a Ojinaga.
En 1836 el capitán Felipe Griego, distribuyó las parcelas en el pueblo.
En 1931 los comanches amenazaron de nuevo a la región, por lo que el Gobernador don José Isidro Madero, dio orden de repoblar el Presidio, lo que se hizo con reos sentenciados, colonos de Ojinaga y la escolta del capitán Mauricio Ugarte.
La cabecera municipal tuvo su origen en el antiguo Presidio Militar, situado al margen del río San Carlos, pero en 1784, en un período de paz con los apaches, el Presidio cambió a Chorreras.
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