Los misioneros franciscanos se asentaron en su territorio desde el siglo XVII; posteriormente, se establecieron en la región algunos españoles, como Ignacio López de García en Cruces, en 1677, y Antonio Márquez en la Hacienda de Santa Clara, en 1706.
Los apaches asolaron la región en el siglo XVIII, por lo que en 1773, quedó sometida a los Presidios Militares. En 1826, formó parte del municipio de Guerrero, en 1847, del de Temósachi. El 29 de julio de 1884, se constituyó como municipio autónomo.
La cabecera municipal tiene su origen en una ranchería indígena llamada Namiquipa; los franciscanos fundaron la Misión de San Pedro de Alcántara de Namiquipa en 1763, con el propósito de evangelizar a los indios conchos.
El coronel Hugo de O'€™Conor, organizó cuatro campañas volantes, cuya misión era ocurrir a los puntos amenazados por los apaches a prestar auxilio; Namiquipa fue donde se estableció una de ellas. El 15 de noviembre de 1778, obtuvo la categoría de Villa, por decreto del Caballero de Croix.
El día 30 de marzo de 1893, se sublevó en el pueblo de Cruces, municipio de Namiquipa, un grupo de descontentos en contra del régimen porfirista encabezados por don Celso Anaya y don Simón Amaya, quienes manifestaron públicamente que sus propósitos iban encaminados a quitar del poder al Supremo Gobierno de la Nación. Tocaron enseguida el pueblo de Namiquipa en donde aumentaron su número con algunos adeptos y el día 3 de abril se apoderaron de Temósachi, después de un corto tiroteo donde fue vencida la resistencia de las autoridades locales.
Nuevos partidarios se les unieron siguiendo por los pueblos de Tejolócahic y Santo Tomás, a donde llegaron el día 13, cuando sumaban ya más de cien hombres. El Jefe Político de Ciudad Guerrero dictó algunas medidas para organizar la resistencia y dio aviso al gobierno local, movilizándose violentamente de Chihuahua una brigada de soldados federales al mando del general Juan A. Hernández, quien llegó a Ciudad Guerrero el mismo día que los rebeldes ocuparon Santo Tomás. Los federales prosiguieron esa misma noche sobre el mencionado pueblo bajo el mando del citado General, habiendo iniciándose el ataque a las cinco de la mañana del 14, por medio de tres columnas de noventa hombres cada una al mando de los mayores Miguel Alegría y Genaro Blight y capitán Juan Prado, quienes fueron derrotados porque este último no cumplió las órdenes superiores y porque Alegría fue muerto en la acción. El General personalmente se hizo cargo de la situación y logró ocupar algunas posiciones desde las cuales sostuvo el asedio del pueblo, mientras le llegaban mayores refuerzos. Estos completaron 771 hombres y una pieza de artillería, con cuyos elementos se dio el ataque final el día 24 y fue vencida la resistencia de los sublevados, quienes fueron aniquilados casi todos, pues los pocos que lograron romper el sitio, fueron cazados sin misericordia al huir por la llanura en dirección a la Sierra de Cológachi.
Los federales levantaron setenta y tres cadáveres y cuando menos treinta hombres más lograron salvar la vida al romper las líneas federales. No hubo heridos ni prisioneros. Las bajas de la gente del gobierno fueron dos tenientes coroneles, dos mayores, un teniente, dos sargentos y treinta y dos soldados muertos y un teniente coronel, un mayor, un capitán, cuatro tenientes, un subteniente, siete sargentos, catorce cabos y sesenta y tres soldados heridos. Varias partidas pequeñas de rebeldes que aparecieron en los Distritos Galeana, Guerrero y Abasolo, fueron perseguidos sin descanso y aniquilados por las tropas del gobierno.
El 21 de enero de 1894, los coroneles Susano Ortiz y Francisco Peinado, sorprendieron en el Cañón del Manzano, municipio de Namiquipa, a una partida de sublevados en contra del gobierno federal, encabezada por Víctor Ochoa y Filomeno Luján, quienes fueron completamente derrotados y aniquilados, pues sólo tres de éstos lograron salvarse.
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