Esta región fue conocida por los españoles desde 1608 cuando penetró el misionero jesuita Juan de Fonte; más tarde quedó sujeta a las misiones de la Compañía de Jesús y enseguida fue una dependencia de Ciénega de Olivos, hasta el año de 1820 cuando se le otorgó la categoría de municipio.
La cabecera municipal es Balleza, en cuyos terrenos fue fundada en 1640 la misión de San Pablo Tepehuanes por los misioneros José Pascual y Nicolás Zepeda, conservó su nombre hasta 1830 cuando el Congreso Local le dio el actual en honor del padre Mariano Balleza y la categoría de villa. En 1820 se le entregó la categoría de municipio.
En noviembre de 1847 estalló un movimiento de rebelión local en la villa de Balleza, en contra del Gobierno del Estado. Lo encabezaron Lino Molina y Simón Amaya, quienes publicaron un manifiesto en el que atacaban duramente al gobernador Trías, al Supremo Tribunal de Justicia y al Prefecto político de Hidalgo del Parral.
El 7 de marzo de 1848 el expresado prefecto, José Antonio Rodríguez, llegó a Balleza, con instrucciones superiores de aprehender a los que habían participado en aquel movimiento, se concretaron a celebrar unos convenios con los cabecillas, por los cuales todos ellos se sometían a la obediencia del gobierno; pero éste los desaprobó. Los vecinos de Balleza siguieron substraídos a la obediencia de las autoridades superiores hasta fines del mismo año, cuando aprovechándose de las elecciones cantonales, los cabecillas se hicieron nombrar autoridades. Estas fueron nulificadas por la Legislatura y mandadas repetir con carácter extraordinario y prevención de eliminar a dichos individuos.
A principios de 1856 ocurrió una nueva sublevación local en Balleza, en contra del Gobierno del Estado, tomando como pretexto la inconformidad contra las autoridades locales; éstas fueron depuestas y los descontentos se enseñorearon con la región por medio de la fuerza.
El gobernador Palacios pretendió hacerlos volver a la obediencia por medio de la persuasión, sin haber logrado resultados positivos, en virtud de que los directores de la rebelión no aceptaban otras autoridades locales que las señaladas o impuestas por ellos mismos. Con este motivo se movilizó de Chihuahua una sección de tropas bajo el mando del coronel Cayetano Justiniani, quien ocupó la plaza de Balleza el 2 de mayo, aprehendió a los principales responsables, repuso a las autoridades legítimas, restableció la tranquilidad pública en todo el Cantón y regresó a su base trayendo los prisioneros, para que respondieran de su conducta.
Una partida de sublevados en el estado de Durango por cuestiones locales, bajo el mando del coronel Susano Ortiz, ocupó la Villa de Balleza el 23 de noviembre de 1875 e impuso algunos préstamos y requisiciones al comercio y a los vecinos
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