Mapastepec fue fundado como pueblo tributario de los aztecas en 1486 con el nombre de Mapachtépec. En el primer censo de población levantado por las autoridades coloniales en 1611, Mapastepec contaba con 265 habitantes. El 5 de julio de 1955, fue elevado a la categoría de villa por decreto promulgado por Efraín A. Osorio, Gobernador Constitucional del Estado de Chiapas.
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