Antes de la conquista española, un grupo de zoques se estableció en el territorio del actual municipio. Posteriormente, fueron sometidos por los aztecas y poco después por los españoles. El pueblo colonial de Chapultenango se formó a finales del siglo XVI como producto de la política de reducción seguida por la corona española. En 1590, se fundó un convento. En 1778, según el Censo de ese año, Chapultenango contaba con 279 habitantes. El 7 de julio de 1837, el territorio del estado se dividió en cinco partidos, siendo la villa de Chapultenango cabecera del partido del Noroeste. En 1910, fue creado el Distrito de Pichucalco, al cual pasó a pertenecer. El 23 de febrero de 1944, fue elevado a la categoría de municipio de segunda. En 1982, el municipio fue afectado por la erupción del volcán Chichón; la tercera parte de su territorio quedó inhabilitado, por lo que gran parte de la población tuvo que emigrar, sin embargo, el municipio continúa existiendo.
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