Sobre la fundación de Cenotillo 'Cenote Pequeño' cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos. En la época prehispánica perteneció a la provincia de los cupules y después (de realizada la conquista), permaneció bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Diego Burgos y don Diego López de Ricalde en 1583; y la de don José Domingo Pardío en 1744.
Declarada la independencia de Yucatán del reino español y su posterior anexión al resto de la republica mexicana, la población empieza a figurar como cabecera del municipio teniendo bajo su jurisdicción a 3 pueblos anexos: Tixbacab, Sucilá, Panabá. El 25 de enero de 1886 adquiere el título de villa por decreto, mismo que es derogado 36 años después para volver a la categoría de pueblo. Sin embargo es posible que después hubiera otro decreto, ya que en 1930 reaparece como villa.
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