Durante la época prehispánica fue una población nonoalca. En el siglo XVI fue cabecera de los reyes, Tlaquilpa, Mixtla, Asctancinga, Tehuipango, Texhuacan, Tezonapa, Coetzala y Omealca.
Durante la guerra de independencia Rafael Argüelles y los sacerdotes Mariano de las Fuentes y Juan Moctezuma Cortés formaron en Zongolica un contingente con el que en mayo de 1812 ocuparon la ciudad de Orizaba, de donde extrajeron un gran cargamento de Tabaco, lo vendieron y con el producto instalaron un taller de acuñación de monedas que llevan en el anverso un arco y una flecha, con la inscripción viva Fernando VII y América.
Por decreto de 25 de noviembre de 1830 se eleva a la categoría política de villa y por decreto de 6 de septiembre de 1910.
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