El nombre de este municipio proviene de la lengua pima y significa 'Corazón de Pitahaya'; históricamente Suaqui Grande perteneció al rectorado de San Francisco de Borja, teniendo éste como cabecera San Francisco de Borja de Tecoripa; fue fundado en 1620 por el misionero Martín Burgencio; fue incorporado a Hermosillo, Villa de Seris y La Colorada, y en 1935 se le rehabilitó.
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