Fundada en la época prehispánica por grupos olmecas, xicalancas, establecidos en Atenayuca y sometidos en 1522. A finales del siglo XIX perteneció al antiguo distrito de Tepexi. En 1895 fue constituido como municipio libre con el nombre de Juan N. Méndez, en honor del defensor de la patria contra el imperialismo francés 1861-1867. La cabecera municipal es el pueblo de Santa Isabel Atenayuca.
En enero de 1896 se establecen las oficinas del Registro Civil.
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