Su fundación prehispánica, fue asentamiento de nahuas y en 1522 fue sometida por los españoles.
En el año de 1750, bajo la jurisdicción eclesiástica de San Juan de los Llanos, en el siglo XVII fue Alcaldía Mayor.
Siendo territorio del antiguo Distrito de Chalchicomula, en 1895, se constituyó como municipio libre.
La cabecera municipal es Villa de Chilchotla de Rafael J. García, para honrar la memoria del insigne político que fue gobernador del estado, en 1867.
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