Fue en la época prehispánica un establecimiento zapoteco y mixteco. En 1522 la sometieron los españoles Tenorio y Medina. Era corregimiento en 1531. A fines del siglo XIX perteneció al antiguo Distrito de Tehuacán. En 1895 se constituyó como municipio libre. La cabecera municipal es el pueblo de Caltepec.
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