En 1530 Cristóbal de Oñate conquistó el territorio que ocupa esta región.
A mediados del siglo XVI se repobló, con familias procedentes de Nochistlán; en 1542 se mandó la demarcación del sitio en que debía extenderse como pueblo el villorrio de San Miguel del Ojo de Agua, denominación que hubo de cambiar por la de San Miguel de los Alcalanes antes de tomar su nombre actual, ya que en 1571 unos españoles apellidados Alcalá y dueños de La Calma, obtuvieron de los indios la licencia para establecerse en la parte oriental de la capilla levantada por Fray Miguel de Bolonia.
El primer ayuntamiento tomó posesión el 17 de abril de 1822. En el decreto del 27 de marzo de 1824 ya se menciona a San Miguel el Alto como municipalidad y se dispuso que perteneciera al departamento de San Juan de los Lagos.
En 1837, San Miguel el Alto es cabecera de partido y pertenece al distrito de Lagos.
En lo eclesiástico fue erigido cabecera de curato en 1832 y dejó de pertenecer a Jalostotitlán.
Por decreto número 184, publicado el 26 de junio de 1870, pasó al 11° cantón de Teocaltiche, al formarse éste.
En el decreto número 591 del 31 de mayo de 1880, se le concedió al pueblo de San Miguel el Alto el título de villa; y el 25 de agosto de 1970, se publicó el decreto número 8615 el cual elevó a la categoría de ciudad a dicha villa.
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