Su primitivo fundador fue el indígena Jojouhquitecuani 'El León Bravo', quien era una persona muy temida, llegó al lugar con mucha gente, alrededor del año 1325, estableciéndose aquí al parecerle fértil, de buenas tierras, montes y caza; conquistó otros pueblos que estaban sujetos al Caltzoncin, señor de Pátzcuaro, con quien tuvo grandes guerras ya que quería hacerlo su vasallo; pero la valentía de Jojouhquitecuani impidió dichos propósitos.
No se sabe cuánto tiempo gobernó Jojouhquitecuani, pero sus hijos, nietos y bisnietos le fueron sucediendo hasta la llegada de los españoles.
El primero de los conquistadores que llegó a Ameca fue el soldado español Juan de Añesta (o Inhiestra) en 1522, quien arribó descalzo, solo y con su espada en la mano. Los naturales lo recibieron en paz porque pensaron que era hijo del sol, pues sus antepasados habían pronosticado que los vendría a conquistar y que todos estarían sujetos a él y le pagarían tributo.
Juan de Añesta había llegado a Colima con Cristóbal de Olid ó Gonzalo de Sandoval; en Ameca vivió 4 ó 5 años, regresó a Colima donde vivía en 1532 y era encomendero de Ameca, ahí murió. Su hijo cambió de nombre por Juan de Inesta que en 1549 era corregidor de Ameca.
El apellido del conquistador de Ameca ha sido motivo de controversias, pues se han encontrado seis diferentes formas de registrarlo: Añesta, Almesta, Niestra, Inhiestra, Iniesta y Dalmesta; sin embargo, los historiadores coinciden en que se trata de la misma persona.
En 1524, cuando iba a Tepic Francisco Cortés con su columna expedicionaria, estuvo en Ameca acompañado de varios personajes de la conquista.
En 1541 se inicia la catequización de los naturales por Fray Antonio de Cuéllar, quién falleció el 12 de agosto de ese año cuando salió de Ameca, justo en la gran rebelión en contra de los españoles que se desató por ese tiempo. Fue atacado en la sierra de Etzatlán y muerto por heridas de flecha.
El primer trapiche en Ameca fue fundado en 1619 por el capitán don Pedro Enríquez Topeta.
La división política de la región tuvo muchos cambios; Ameca dependió primero de Colima, luego de México, de Sayula y de Cocula.
En 1824, Ameca estaba incorporada al departamento de Cocula del que pasó a ser capital con título de villa, en septiembre de 1830.
El 22 de abril de 1833 se le concedió a Ameca el título de ciudad, el cual conserva hasta la fecha.
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