En un principio Mazamitla se encontraba dividida en varias aldeas formadas por caseríos de adobe con techos de tejamanil. Los primeros pobladores se dedicaban a la caza y a la recolección.
El año 1165, registra en la región la existencia de tribus nahuas.
Mazamitla pertenecía al señorío de Tzapotlan y rendían tributo al cacique de Temazollan. En 1481, fue invadida por los purépechas, quienes se apoderaron de la laguna de Zacoalco y Sayula, permaneciendo ahí hasta el año de 1510, cuando fueron derrotados al final de la Guerra del Salitre.
Los purépechas estaban en guerra con las tribus sayultecas, pinomes y demás del sur. Algunos historiadores afirman que en la Guerra del Salitre, a partir de 1480, los purépechas fueron rechazados en las regiones de Zacoalco y desalojados de Colima, de modo que para el siglo XVI, los purépechas sólo retenían bajo su poder la zona comprendida entre Tuxpan, Mazamitla y el territorio de Michoacán.
De 1460 a 1480, los invasores purépechas impusieron su poderío desde Mazamitla hasta Tamazula, como centro. Sin embargo, su poderío duró poco, ya que al ser derrotado Zuangua por Colimotl, tuvieron que retirarse de las zonas invadidas de manera gradual, lo que dio lugar a que los diferentes cacicazgos ejercieran su autonomía y reimpusieron a sus jefes locales.
La derrota no retiró del todo a los purépechas de la zona de la Sierra de Mazamitla, ahí se establecieron y fortificaron contra los pueblos del sur.
Se han encontrado vestigios purépechas, tales como cerámica, figurillas ceremoniales, puntas de obsidiana de lanza y flecha, piedras y manos de moler, ídolos de piedra y objetos de barro que indican la presencia de esta cultura en la región.
Como testimonio del origen tarasco de Mazamitla existen, hasta la fecha, barrios que conservan los significados (topónimos) de origen purépecha, a saber: charácuru (muchacho encuerado); jániro (doncella bonita); citúnero (ave que canta), cóporo (cruz de cuatro caminos); uriche (casa del que manda), y cucuchira (durazno chapeado).
En 1522, Hernán Cortés encargó a Cristóbal de Olid, en compañía de Juan Rodríguez de Villafuerte, explorar la región de occidente con el propósito de realizar la conquista de los pueblos que se hallaban en la zona costera del Pacífico. Las conquistas realizadas por Cristóbal de Olid del señorío de Tzapotlán, de la comuna de Mazamitla y las minas de Tamazula quedaron adjudicadas a Hernán Cortés en calidad de encomienda, las cuales, al ser nombrado Presidente de la Real Audiencia de México Nuño Beltrán de Guzmán, le fueron retiradas.
En febrero de 1537, por Cédula Real de Carlos V a don Antonio de Mendoza, primer virrey de la Nueva España, se dictó la disposición que contiene el fundo legal de San Cristóbal Mazamitla, a través de la cual se otorga la posesión de tierras y aguas a los naturales de esta región.
Al inicio de la Independencia de México, se dice que Hidalgo en su paso a Colima, posiblemente cuando estuvo en esta región de Mazamitla, celebró una misa en la ranchería de Palos Gordos de este municipio, en donde le sirvió de altar el tronco de un roble que se guarda como reliquia.
En 1812, en la Cuesta del Zapatero se enfrentaron insurgentes y realistas, a cuyo mando de los primeros se encontraba el coronel Jacinto Chavarría, quien a pesar de haber salido victorioso resultó gravemente herido.
Durante la Intervención Francesa, los invasores quemaron los archivos.
En 1825, Mazamitla pertenecía al departamento de Zapotlán el Grande del 4° Cantón de Sayula, pasando, en 1870, al departamento de Tamazula en el 9° Cantón de Ciudad Guzmán. En esta última disposición (decreto 199 del 28 de octubre de 1870), ya se le menciona con carácter de municipalidad.
El 9 de abril de 1894 la comisaría del Valle de Mazamitla, perteneciente al municipio Mazamitla, se erigió en municipalidad. Posteriormente, tomaría el nombre de Valle de Juárez (marzo de 1911).
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