Los primeros pobladores de esta región vinieron de Etzatlán, eran tribus nómadas muy belicosas que hablaban náhuatl, tal vez descendientes de toltecas ó aztecas.
En 1530, Pedro Almíndez Chirinos llegó a este lugar enviado por Nuño de Guzmán y lo conquistó.
De 1540 a 1541, los pueblos de la región participaron en la celebre rebelión del Mixtón, la que finalmente fue ganada por los españoles, encabezados por el virrey Antonio de Mendoza, en diciembre de 1541.
La región fue llamada así en honor del conquistador Toribio de Bolaños, español que al oficio de las armas unió el de descubridor y empresario de minas, a raíz del descubrimiento, en 1548, de la veta a la que pertenecen las minas de Tepec y Bolaños, Real Mina de Bolaños.
En 1730, se descubrió un nuevo campo minero junto a las minas de Tepeque y cerca de las minas de Santa Rosa Alburquerque. El antiguo real de Bolaños tuvo una gran importancia minera desde que en 1748 el indio José Barranco abrió la rica mina a la que le dio su nombre.
Otros fundos mineros destacados fueron: La Cocina; la del Espíritu Santo, llamada también La Conejera; El Parián; El Barranco o de La Conquista; La Castellana; La Perla; Zapopan; La Montañesa; Los Laureles; y La Trinidad.
Hasta 1780, Bolaños ocupó uno de los tres primeros lugares en la explotación de minerales, siendo, a la vez, uno de los tres primeros sitios que sostuvieron el reino de la Nueva España.
Bolaños reunió incontables mineros, naciendo así Real de Bolaños. En 1792, los mineros produjeron 120,166 marcos y 4 onzas de plata, esta excepcional bonanza dio ocupación, semanalmente, a 1,500 operarios.
Fue tan extraordinario el auge que alcanzó Real de Bolaños que, en las postrimerías del siglo XVIII, fue elevado a la categoría de Corregimiento, con el nombre de Corregimiento del Real de Bolaños.
A partir de la construcción de la capilla dedicada a San José, la población también fue conocida como Real de Minas de San José de Bolaños.
Hacia 1830, la producción de plata decreció considerablemente.
En 1825, Bolaños pertenecía al 8º Cantón de Colotlán. Por decreto publicado el 19 de febrero de 1833, le fue concedió el título de ciudad.
En 1846, Bolaños se convierte en Cabecera de uno de los 28 departamentos en que se dividía el Estado. En noviembre de 1861 se establece ayuntamiento en Bolaños.
El 18 de septiembre de 1885, por decreto número 153, se reerige en municipalidad la comisaría de Bolaños, que había sido suprimida en 1872.
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