Los primeros habitantes fueron cocas y cazcanes, pertenecían al reino de Tzaullan (Sayula). En la Guerra del Salitre participaron al lado del rey de Colima quien se cobró cara la ayuda, sojuzgándolos y obligándolos a pagarle tributo.
Entre los naturales la suprema autoridad la ejercía el más anciano, al que denominaban Prioste y obedecían sus órdenes sumisamente.
Los primeros españoles que se establecieron en el poblado pertenecían a las familias Vizcaíno. Durante la colonia fue estancia de Sayula, cabecera de la Provincia de Avalos.
La labor de evangelizar a los naturales estuvo a cargo de Fray Juan de Padilla, fray Miguel de Bolonia y fray Francisco de Pastrana.
En 1563 el virrey don Luis de Velasco les concede la marcación de linderos para poseer pacíficamente sus tierras, nombrando a don Juan de Aviña Espinoza para realizarla.
A finales de la pasada centuria y principios de la presente, la minería alcanzó notorio incremento. Hallándose el poblado asentado en los ramales de la sierra de Tapalpa, se explotaban yacimientos de plata, oro, hierro, mercurio o azoque, y cobre; así como piedra de cal y materia prima para cemento.
La principal fundición se estableció en Ferrería de Tule. A la sombra de esta bonanza se incrementó la industria hogareña de la fabricación de bolsas de ixtle, denominadas morrales, elaboradas por las clases sociales más humildes del poblado. La materia prima la extraían del mezcal silvestre que se denominaba lechuguilla.
Hacia 1825 pertenecía al 4° cantón de Sayula. En 1910, cuando Sayula se convirtió en el 11° cantón, Chiquilistlán siguió sujeto a él.
No se conoce el decreto que creó este municipio pero ya se le menciona como ayuntamiento en la Estadística de la Provincia de Guadalajara de fecha 1823.
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