Los terrenos en donde se encuentra fueron denunciados en 1678 por doña Catalina Sánchez de Villela, ante el Gobernador de la Nueva Vizcaya, Lope de Sierra y Osorio. La señora los vendió a Antonio González de la Parra, de quien pasaron al bachiller Daniel Pérez y éste los vendió de nuevo a la familia de la Parra. Dichos terrenos quedaron vacantes en 1710 los denunció Nicolás Ponce, quien amparó cuatro sitios de ganado mayor.
Esta región dependió desde mediados del siglo XVII de la alcaldía mayor de San Antonio de Casas Grandes; a partir de 1760 del presidio militar de San Buenaventura (Galeana) y en 1820 adquirió la categoría de municipio por la Constitución Española de Cádiz.
El 1° de julio de 1935 por decreto se cambió su nombre primitivo San Buenaventura por el que actualmente tiene, Ricardo Flores Magón, sección municipal del municipio de Buenaventura. La cabecera es la colonia del mismo nombre, situada sobre la margen derecha del río Carmen.
Desde la época colonial formó la hacienda del Carmen de Peña Blanca, la cual en 1732 era propiedad del presbítero José García Valdez; a fines del siglo XIX quedó incorporada al latifundio del general Luis Terrazas, con una superficie de 380,000 hectáreas, en 1922 la adquirió el Gobierno Federal por conducto de la caja de préstamos y poco después se formó allí una colonia agrícola ganadera. Su nombre actual se le dio por decreto el 1° de julio de 1935, en honor del líder socialista Ricardo Flores Magón.
El Plan del Carmen fue proclamado por los vecinos de la hacienda del Carmen de Peña Blanca; los principales cabecillas fueron los señores Isidro y Francisco Piñón y Perches y Lorenzo Díaz, se firmó el 15 de septiembre de 1836. Sus propósitos eran armar a todos los vecinos de los pueblos y ranchos del noroeste del estado para combatir a los apaches y comanches, que no daban reposo ni cuartel a los chihuahuenses; los jefes quedaban facultados para disponer discrecionalmente de todas las clases de elementos de boca y de guerra, de donde los hubiera y asimismo para dirigir las operaciones.
Fueron secundados en San Lorenzo Namiquipa, Cruces, Janos y Buenaventura; pero el jefe político del partido de Galeana se opuso resueltamente a los propósitos de los firmantes del famoso plan y pidió al Gobierno del Estado que pusiera límite a semejantes abusos.
La Junta Departamental opinó que el poder ejecutivo no debía tomar en cuenta el plan proclamado en El Carmen y obrar con energía para apagar aquel motín, haciendo un severo y ejemplar acto con los cabecillas. Desaprobado el documento por el gobernador Calvo, los complicados se sometieron incondicionalmente en octubre siguiente.
El 13 de noviembre de 1882 fueron asesinados el mayor Juan Mata Ortiz y cuarenta vecinos de Galeana y San Buenaventura, en el puerto del Chocolate, por los apaches.
Acción de guerra librada en la serranía de la Mojina el 27 de enero de 1911. Los coroneles Antonio M. Escudero y Agustín A. Valdez marchaban con una columna federal en auxilio de Casas Grandes, amagados por los maderistas, se encontraron al pie de la sierra de la Mojina a un fuerte núcleo revolucionario mandado por el general Pascual Orozco. Éste y los suyos se hicieron fuertes en un pedregal situado al pie de la sierra, de donde no pudieron desalojarlos los federales, quienes se retiraron al caer la tarde, en dirección a la Hacienda del Carmen en busca de agua. Orozco levantó el campo y enseguida apareció en Estación Moctezuma, sobre la vía de los Ferrocarriles Nacionales, de donde avanzó al norte amagando la plaza de Ciudad Juárez.
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