Durante la época prehispánica, el actual territorio del municipio de Jitotol perteneció a la nación zoque. Durante la primera parte de la Colonia su población indígena decreció notablemente. Fue a mediados del siglo XVII cuando, como producto de la política de reducción de la corona española, se fundó el actual Jitotol con el nombre de San Juan Bautista Jitotol. El 9 de noviembre de 1871, fue elevado a la categoría de villa con el nombre de Villa de Jitotol de Zaragoza, '€œen recompensa de los muy patrióticos servicios que sus moradores prestaron en la Guerra de Castas de 1869'€Â. A principio de este siglo, por su decadencia económica, fue degradado a la categoría de agencia municipal. El 8 de mayo de 1935, en un acto de justicia, el gobernador Victórico R. Grajales promulga el decreto que le restituye la categoría de Municipio libre, con la jurisdicción que tenía anteriormente la Villa de Jitotol de Zaragoza.
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