Los orígenes de Chiapilla se remontan a la época Prehispánica, se cree que fue fundado por los chiapanecas en las orillas del río Grande. Para 1860 el asentamiento primitivo se pasó a una meseta inmediata un tanto más alta como a tres kilómetros al norte, de acuerdo al cura que trataba de bendecir el nuevo templo, por estar ya abandonado el anterior. En 1888, el primero de marzo, se terminó y abrió al servicio un puente de mampostería sobre el río Frío. En 1911, y por las contiendas entre habitantes de San Cristóbal y Tuxtla, según parte del presidente de Acala, un grupo de partidarios de San Cristóbal se lanzaron sobre la presidencia municipal con el fin de colocar al frente de ella a Patricio Gordillo, un partidario de ellos. En esos días, primeros de octubre, Chiapilla fue ocupada por un contingente de tropa chamula al mando de Antero Ballinas y el 9 del mismo mes fueron atacados por los del bando tuxtleco, cometiéndose el bárbaro acto del desorejamiento de chamulas prisioneros. En 1931, se introdujo el agua entubada a Chiapilla.
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