Durante la Colonia, los misioneros españoles antepusieron el nombre de Santa María Magdalena al pueblo de Coalpitán, por lo que se conoció, en esa época, como Magdalena Coalpitán. A partir de 1612, el pueblo fue administrado desde el convento de Tecpatán, donde los misioneros españoles organizaron la evangelización de la Región. En 1869, los habitantes del Municipio participaron activamente en la sublevación indígena encabezada por el líder chamula Pedro Díaz Cuscat. El 13 de febrero de 1944, fue elevado a Municipio de segunda categoría y el 28 de marzo de 1982, a raíz de la erupción del volcán Chichón, la población de la cabecera municipal tuvo que emigrar hacia los Municipios aledaños. En junio de 1996, se rehabilitó al Municipio y se designó a la población de Viejo Carmen Tonapac como la cabecera municipal.
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