Época Prehispánica
Los primeros grupos nómadas aparecieron hace 12 000 o 10 000 años en Tlaxcala. Algunas de estas microbandas practicaron una agricultura incipiente, además de apropiarse de los recursos que les proporcionaba el medio ambiente. Pocos de ellos tuvieron el ocio adecuado para la recreación espiritual, dejando en los petrograbados y en las pinturas rupestres de Atlihuetzía la manifestación de los primeros símbolos y colores con los que trataban de desentrañar el entorno geofísico
Esta primera incursión de Atlihuetzía en la historia de Tlaxcala fue fugaz, por que no volveremos a encontrar referencias bibliográficas de esta población. Es muy probable que durante las fases Tzompantepec, Tlatempa, Texoloc, Tezoquipan, Tenanyecac y Texcalac, Atlihuetzía haya caminado lentamente de estancia a aldea; y posteriormente a villa, hasta que en la fase Tlaxcala alcanza el rango de Señorío.
Yauhquemecan nace a la vida social en una de las fases más fascinantes de la historia de Tlaxcala: la fase Texcalac. Entre los 10 pueblos grandes o ciudades que se desarrollan durante la primera mitad de la fase Texcalac, destaca San Dionisio Yauhquemecan que por estar muy pegado a San Martín Xaltocan y a Santa Bárbara Acuicuizcatepetl, se piensa que quizás se trate de un sólo señorío o bien, de dos señoríos en los que San Dionisio Yauhquemecan sea un sólo y los otros dos conformaron otro señorío.
El pueblo de Yauhquemecan al igual que los demás de la fase Texcalac, da un vuelco a las formas arquitectónicas desplazando a segundo término los altares y templos, es decir los centros ceremoniales para dar paso a la arquitectura de carácter civil, que pone más interés en la construcción de los palacios y casas de los gobernantes, que en las de carácter ritual. La construcción de plataformas de dimensiones diferentes para soportar las estructuras habitacionales y de carácter cívico, será una diferencia de esta fase con las que le precedieron.
Para el año 1100 Tepeticpac que ya tiene cuando menos 300 años de existencia, da origen a tres nuevos barrios o señoríos: Ocotelulco, Tizatlán y Quiahuixtlán. Los cuatro se ubicaron en los Cerros Blancos y desde ahí ejercieron liderazgo sobre otros 20 señoríos, entre los que se encontraban Yauhquemecan y Atlihuetzía.
Uno de los acontecimientos históricos más importantes que determinó la consolidación del estado tlaxcalteca, lo constituyó la batalla que libraron contra los huejotzincas en Tepeticpac. Batalla a la que concurrieron los guerreros de Yauhquemecan y Atlihuetzía. La batalla ha sido situada por el historiador Diego Muñoz Camargo en 1348.
El señorío de Yauhquemecan se estableció al oeste del actual Apizaco, pero fue de menor dimensión que el de Atlihuetzía. La organización social en los señoríos de Yauhquemecan y Atlihuetzía estaba integrada por los militares o los señores de la guerra, quienes obedecían a un 'señor', la máxima autoridad que residía en cada una de las cabeceras. En la parte media de la pirámide social se encontraban los artesanos y comerciantes y en la base de la misma la inmensa masa campesina. Yauhquemecan y Atlihuetzía son dos de los 24 señoríos que integran la República de Tlaxcala.
La arquitectura de Yauhquemecan y Atlihuetzía prehispánica no ha llegado a nosotros, pues tal vez se encuentre debajo de las actuales poblaciones. Los guerreros de Yauhquemecan y Atlihuetzía como parte de la Confederación de la República de Tlaxcala debieron concurrir a las batallas en las que se enfrentaron los ejércitos, comandados por Xicohténcatl Axayacatzin y Hernán Cortés, cuando este penetró a territorio tlaxcalteca.
La Colonia.- Atlihuetzía y Yauhquemecan pasaron a formar parte de la Provincia de Tlaxcala, una República gobernada por indios. Yauhquemecan se resistió a enajenar sus tierras, gracias a la fuerte concentración de población indígena y a que era lugar de residencia de las casas nobles. Sin embargo, no escapó el proceso de penetración española, aunque este llegó tardíamente a fines del siglo XVII. A finales de la colonia las poblaciones de Yauhquemecan y Atlihuetzía dependían de la producción agrícola y pecuaria y tal vez de algún obraje que funcionaba en la región. Políticamente las dos poblaciones se encontraban dentro del tenentiazgo de Santa Ana Chiautempan de conformidad con la división territorial.
Siglo XIX
La Independencia.- No se dispone de mayor información sobre los motivos que tuvo el Ayuntamiento de San Dionisio Yauhquemecan, o las presiones que pudieran ejercer algunos notables para que se sumara a la tendencia de los anexionistas. El Territorio de Tlaxcala quedó organizado en 7 partidos, quedando el municipio de Yauhquemecan dentro del de Santa Ana Chiautempan.
Yauhquemecan mostró un gran entusiasmo para participar en el Congreso Constituyente de Tlaxcala, votando sus ciudadanos para que fuese electo primer gobernador don Guillermo Valle, quien se hizo cargo de la gubernatura el 9 de junio de 1837. Una de las preocupaciones inmediatas del nuevo gobierno fue el ramo de educación primaria, para lo cual establecieron siete juntas directivas que tendrían a su cargo la promoción, fomento y dirección de la instrucción pública. Yauhquemecan quedó dentro de la quinta sección con cabecera en Apetatitlán.
La Reforma.- Durante la ocupación francesa, Tlaxcala fue uno de los 50 departamentos en que fue organizado políticamente el Imperio. Por sorpresa de los poblanos entre los 4 distritos en que quedó dividido el departamento de Tlaxcala, Zacatlán fue uno de ellos. Los demás fueron Tlaxcala, Huamantla y Tlaxco. Yauhquemecan fue considerado un municipio bajo la jurisdicción del distrito de Tlaxcala.
El Porfiriato.- Entre los primeros cambios que experimenta el municipio de Yauhquemecan durante la administración cahuantzista, conjuntamente con los municipios de Barrón-Escandón, Xaltocan y Santa Cruz Tlaxcala, dejan de pertenecer al distrito de Hidalgo para integrar al de Cuauhtémoc. Cinco años después don Próspero Cahuantzi desaparece los distritos y quedan exclusivamente 4 municipios.
Los dueños de predios de Yauhquemecan tenían motivos de agravio de la administración cahuantzista, como consecuencia de la expedición de la Ley de Hacienda que entró en vigor el 5 de mayo de 1897. En ella se establecía que las propiedades rústicas con valor superior a 100 pesos pagarían a la Tesorería del Estado un impuesto de 8 al millar. Los que tuvieran dos o más terrenos que por separado no sumaran 100 pesos, pero que juntos tuvieran ese valor, cubrirían la suma que arrojara el valor de dichas fracciones. Las propiedades con valor entre los 50 y 100 pesos también pagarían el 8 al millar pero en lugar de enterarlo a la tesorería, sería cubierto a los ayuntamientos. Don Próspero no sólo se proponía incrementar la tasa impositiva, sino la propia base fiscal, por lo cual las autoridades comenzaron a revaluar las propiedades.
Considerando que en Yauhquemecan había por lo menos 313 predios que correspondían a pequeños propietarios, quienes consideraran injusto no sólo el incremento sino que se incluyeran terrenos que antes estaban exentos de contribuciones por su escaso valor, reaccionarían en contra de la citada ley solicitando su derogación. Entre los solicitantes se encontraban los pueblos de Chiautempan, Xaltocan y Santa María Atlihuetzía.
Siglo XX
La Revolución Mexicana.- Durante esta etapa de la Revolución Mexicana no ocurrieron acontecimientos de importancia en Atlihuetzía ni en Yauhquemecan, y parece ser, que tampoco durante la administración de don Antonio Hidalgo en la gubernatura de Tlaxcala, y don Francisco I. Madero en la Presidencia de la República.
Época Contemporánea.- Las dos poblaciones más importantes del municipio de Yauhquemecan, su cabecera y Atlihuetzía se han mantenido como zonas residenciales, y de producción agrícola para el autoabasto. Atlihuetzía comenzó a explotar sus atractivos turísticos al instalar en un lugar cercano a la cascada un hotel de cinco estrellas que es muy frecuentado por el turismo nacional y extranjero. También cuenta con una fábrica textil que participa de un buen tramo del mercado nacional. Los habitantes del municipio laboran en las empresas fabriles de Apizaco, sobre todo en la papelera Finess, y en menor proporción en las empresas y comercios de Santa Ana Chiautempan y Tlaxcala.
Las dos poblaciones cuentan con buen equipamiento urbano, pero no han desarrollado la infraestructura escolar de nivel medio superior, por lo que la juventud estudiosa concurre a los centros escolares de los municipios más cercanos.
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