En el siglo V, el territorio de este municipio estaba ocupado por olmecas y mayas. Siendo gobernado por un cacique llamado Pachimalais en 1516, el pueblo de Balancán fue invadido por los mactunes. Durante la guerra de los tzendales en 1630 un grupo de choles provenientes de Palenque se asentó al sur de la cabecera municipal fundando un barrio que aún existe.
El 26 de abril de 1837 por disposición de la Junta Departamental de Tabasco, Balancán es cabecera de partido del Distrito del Centro. El 20 de octubre de 1841, es cabecera de partido del Departamento del Centro. El 30 de julio de 1842, por disposición de la Junta Departamental, es cabecera de uno de los dos partidos que conforman el Distrito de Usumacinta, y el 26 de octubre de 1844, es cabecera de partido del Distrito de Usumacinta.
El 15 de abril de 1847 se le concede el derecho de
elegir ayuntamiento.
Según la Ley de la División Territorial del Estado
fechada el 17 de agosto de 1850, Balancán es partido
del Departamento de Usumacinta.
El 15 de julio de 1854 pasa a formar parte del territorio del Carmen, con sede de gobierno en la Isla del Carmen, pero el 5 de febrero de 1857, por mandato constitucional, se desintegra éste territorio y Balancán se reincorpora a Tabasco.
En octubre 1869 la población es arrasada por un
incendio de gran magnitud.
El 4 de octubre de 1883, según la Constitución Política
del Estado de Tabasco, Balancán es uno de los doce
partidos en que se divide el estado.
El 18 de diciembre de 1883, según la Ley Orgánica de la División Territorial, Balancán constituye una de las 17 municipalidades en que se divide el estado, elevándose a la actual cabecera municipal a la categoría de villa.
Hacia finales del siglo XIX la ilustre profesora Salomé Marín Virgilio fundó la primera escuela y comenzó a difundir ideas liberales entre la población siendo perseguida por la dictadura porfirista. Durante la revolución maderista un nutrido grupo de ciudadanos al mando de Luis Felipe Domínguez Suárez, dan batalla al porfirismo en el vecino estado de Campeche.
A fines de febrero de 1913, al conocerse la noticia de los asesinatos de Francisco I. Madero y de José María Pino Suárez (cuya madre era nativa de esta cabecera municipal) la población se levantó en armas desconociendo el gobierno de Victoriano Huerta.
Durante la revolución constitucionalista, el 18 de agosto de 1914 la plaza de Balancán fue disputada entre el ejército huertista y los carrancistas en un sangriento combate que ocasionó importantes bajas a los revolucionarios, entre otras, la del coronel José Eusebio Domínguez Suárez.
El 28 de julio de 1915, la revolución triunfante le dio a la población el título de ciudad, denominándola Balancán de Domínguez, en honor al coronel muerto durante el combate.
El 5 de abril de 1919, según la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Tabasco, Balancán es uno de los 17 municipios libres en que se divide la entidad. El 4 de mayo de 1946 el Congreso del Estado ratifica a Balancán como municipio de Tabasco.
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