A fines del siglo XVII el misionero Fancisco Eusebio Kino fundó la pablación de San Pedro deTubutama en territorio del actual municipio. En tiempo de la Independencia, perteneció al partido de Guadalupe de Altar con la categoría de pueblo; el 6 de noviembre de 1908 se le concedió la categoría de municipio. Fue incorporado al municipio de Altar en 1930 y rehabilitado en 1934.
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