Fue fundado en Marzo de 1645 por el misionero Marcos del Río, con el nombre de 'San Francisco de Huásaca', juntando así las rancherias ópatas de los alrededores. Fue cabecera de misión en la evangelización formado por la tribu Eudeve, rama de la ópata que se caracterizó por su docilidad y trabajo. En lengua ópata Huásaca tiene dos significados: Lugar de tierras enyerbadas, lugar de tierras llenas de basura que arrastra el río; de huat, tierra de siembra, y saca, yerba, basura.
Se le incorporó al municipio de Cumpas en Diciembre de 1930 y fue rehabilitado 2 años después.Hacia fines del siglo XIX tuvo la categoría de municipio, adscrito al distrito de Moctezuma. Fue incorporado al municipio de Cumpas mediante Ley Núm. 68 del 26 de diciembre de 1930 y rehabilitación por Ley Núm. 64, del 12 de abril de 1962.
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