En 1645 el ministro jurista, Cristobal Garcia, fundó el poblado de Santa María de Bacerac en territorio ocupado por tribus indígenas opatas.
Obtubo la categoria de municipioen la segunda mitad del siglo XIX, adscrita al Distrito de Moctezuma. La versión más actualizada en lo respecta a la etimología del nombre de Bacerac, es el que proviene de la lengua opata y significa 'lugar donde se ve el agua'
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