Escuinapa, vocablo náhuatl que proviene del aztequismo itz-cui-na-pan. Está compuesto de itzcuintli, "perro"; a de atl, "agua"; y pan, "en"; el topónimo significa por lo tanto "en el agua del perro" o "donde hay perros del agua". Se tiene conocimiento de que los primeros pobladores de esta región fueron descendientes de la raza azteca, quienes aprovecharon la sal de las marismas, la caza y la pesca y se establecieron fundando un poblado de nombre Ahuchén.
Los pobladores de Ahuchén abrumados por los mosquitos que trasmitían fiebre, la tierra salitrosa y el constante asedio de los piratas, se trasladaron a otro lugar al sur, y fundaron una comunidad que llamaron "Pueblo Viejo". Sin embargo, pronto se vieron en la necesidad de volver a emigrar por los constantes ataques de bandoleros. A poca distancia encontraron un lugar con mayor seguridad y formaron un nuevo pueblo que llamaron Izquinapa.
Con la Ley de Municipalidades de 1861, se subdividen los ayuntamientos en alcaldías o juecías mayores, y se instalan las prefecturas suprimiendo las jefaturas políticas. En 1868 Escuinapa era uno de los tres ayuntamientos que conformaban el distrito de Rosario, teniendo bajo su administración la alcaldía de su nombre. Ya en 1870, la municipalidad de Escuinapa contaba con dos alcaldías, la de su nombre que estaba formada por las celadurías del Palmito y la Agachada, con cabecera en la Villa de Escuinapa y la otra en La Concepción, formada con el pueblo de ese nombre y sin celaduría. La población de la municipalidad se estimaba entonces en 3,413 habitantes.
En 1912 se aprueba la Ley núm. 21 sobre la creación de municipalidades como forma interna del gobierno estatal, pero es hasta 1915 en que se suprimen las directorías políticas, cuando se erigen los primeros once municipios libres, siendo Escuinapa uno de ellos, creado por Decreto del 7 de septiembre de 1915 y ratificada su categoría en la Constitución de 1917.
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