Diversas investigaciones de historiadores señalan que los primeros habitantes provenían del Continente Asiático, por lo que debieron haber cruzado por el estrecho de Behring, que se encontraba hace 40 mil años congelado, y que posteriormente del norte llegan a asentarse a estas tierras. Es muy probable que los primeros asentamientos se hicieron en pequeños grupos cerca de los ríos, de los cuales aprovechaban el agua, la pesca y la caza, y al mismo tiempo les permitía desarrollar nuevas técnicas agrícolas. Los arqueólogos e historiadores explican que utilizaban al maguey y palmas para hacer canastas y que aprovechaban los suelos para elaborar utensilios de barro, creando la incipiente alfarería o cerámica. De esta manera, se estima que antes de la llegada de los españoles existían aproximadamente 30 poblados en el estado de Sinaloa, algunos de los cuales han desaparecido, otros se encuentran en el actual estado de Sonora y otros se han convertido en ciudades.
Las crónicas de algunos conquistadores como la Relación de Diego de Guzmán, explica como estas primeras comunidades contaban con su propia organización social, económica, política y cultural. El 3 de agosto de 1533 Diego de Guzmán descubrió el río Zuaque o río Fuerte alrededor del cual se localizaban las tribus indígenas de Sinaloa, tehuecos, ahomes y zuaques.
Diversos historiadores concuerdan en señalar que la fundación del poblado de Ahome fue el 15 de agosto de 1605, fecha en que llegó a estas tierras el misionero Padre Pérez de Ribas. El Padre comenta en una de sus obras que fue bienvenido con gran júbilo; le organizaron una recepción y fue recibido solemnemente por el cacique del pueblo quien para tan importante ocasión montaba un caballo que le había regalado el Capitán Hurdaida. En su obra Historia de los Triunfos de Nuestra Fe, el Padre relata "La nación Ahome y su principal pueblo, que es de 300 a 400 vecinos, tenía su asiento en una llanada cercada de arcabucos y bosques que le servían de fortaleza y refugio de los asaltos de sus enemigos. Dista cuatro leguas de la mar de California. Goza de lindos valles y terrenos para sementeras y de algunas alamedas".
En 1906 la Villa del Fuerte pasó a ser ciudad por decreto del gobernador, General Francisco Cañedo; Ahome se encontraba bajo su jurisdicción como directoría. En febrero de 1904 un grupo de ciudadanos pensó en crear una municipalidad propia de Ahome para lo cual crearon una junta separatista lidereada por el Dr. José Ma. Elizondo y presentaron la petición al gobierno del Estado, pero fue rechazada. Pasaron algunos años y la Junta se volvió a organizar formada por Ramón C. López, Arturo A. Cota, Casimiro G. Luque, Epifanio Cota, Carlos S. Vega y 10 personas más; se reunieron en San Blas con el general Alvaro Obregón, con el gobernador de Sinaloa y el jefe de las operaciones militares el Gral. Angel Flores, más algunos representantes del Fuerte y se pactó la independencia de la directoría y es elevada a municipio. El decreto de la Legislatura Local de la creación del municipio de Ahome data del 20 de diciembre de 1916, estableciéndose su cabecera municipal en la Villa de Ahome, y aunque estaba prevista la instalación de este nuevo ayuntamiento para el primero de enero de 1917, no fue sino hasta el día 5 de enero del mismo año en que se llevó a cabo, debido a la instalación del ayuntamiento de Choix el primero de enero, así como los lentos medios de transportación y las malas condiciones en que se encontraban los caminos, hicieron imposible que ambos eventos tomaran lugar el mismo día.
Años más tarde la población de Los Mochis había crecido tanto que superaba con mucho a la de Villa de Ahome, además se habían instalado ahí varias dependencias federales y estatales debido al incremento de los negocios agrícolas y comerciales que se desarrollaban alrededor de esta ciudad; bajo estas circunstancias, varias administraciones propusieron el traslado de la cabecera municipal pero no se logró hasta la administración de Modesto G. Castro. El primero de abril de 1935 el ayuntamiento de Ahome expidió el decreto que solicitaba el traslado de la cabecera y fue sancionado por otro decreto de la Legislatura del estado, expedido el 10 de mayo del mismo año y publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 30 del mes. El traslado se hizo de forma inmediata y sin problemas, quedando así constituido el actual municipio de Ahome con cabecera en Los Mochis.
Fundación de la cabecera municipal de Los Mochis.- Hay quienes estiman que los colonos capitaneados por el Sr. Albert Kimsey Owen, son la base o plataforma de la fundación de Los Mochis. Pero hay que recordar que aquellos señores por los problemas surgidos entre ellos mismos abandonaron Topolobampo para emigrar a diversos poblados de la región siguiendo la trayectoria del Canal Tastes; el grupo que más cerca llegó a Los Mochis, se estableció en el lugar que ellos mismos llamaron El Público, en la cercanías del Ejido Compuertas.
Por otra parte, existen personas en la región que se remontan al siglo anterior y para ellos Don Benjamín Johnston es el fundador de los Mochis.
Cuando el señor Benjamín menciona los orígenes de los terrenos El águila, cerca de la Villa de Ahome y sus fábricas de azúcar y alcohol, explica que se fue dando cuenta de que los terrenos sembrados de caña no eran suficientes para el abasto de dichas factorías y decidió adquirir propiedades.
Para el efecto, el propio señor Johnston dirigió los trabajos de desmonte de terrenos vírgenes y oportunamente, un día del año 1898, colocó la primera piedra del edificio de la fábrica. Llevó a cabo este acto sin protocolos de ninguna especie puesto que no existía autoridad alguna; lo efectuó personalmente el Sr. Johnston, pero, ¿quienes fueron testigos de ese acto trascendental?. Los que se inclinan por la teoría "Johnston" estiman que esa piedra puesta más con miras comerciales que emocionales, ha sido fundamental donde dimana nuestra flamante ciudad de Los Mochis; agregan que al levantarse el edificio de la fábrica, necesariamente se construyeron casas, tanto para empleados como para campesinos y obreros, de ahí que para el año 1900 el censo oficial nos da cuenta de 517 habitantes, entre los cuales 294 eran hombres y 233 mujeres constituyendo un rancho. Ya para el año de 1905, dos años después de verificarse la primera zafra, el ingenio empezó ocupar más gente y comenzaron a crearse nuevos grupos de población. Muy famoso fue el barrio de Sinaloa, localizado al sur de la vía de lo que fue el ferrocarril Kansas City, las casas de ladrillo que empezaron a surgir se veían al Oriente, y entre ellas destacaba la de don Manuel Borboa, la de don Celedonio Aragón, la de Donato Calderón, etc. todas ellas instaladas en las cercanías de la fábrica.
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