Los mayas ocuparon el territorio que forma el municipio de Benito Juárez,
subsisten de esta cultura, algunos monumentos arqueológicos, en
Cancún se encuentran las ruinas de el Rey.
A la llegada de los españoles a tierras quintanarroenses, la
Liga de Mayapán había desaparecido, dando lugar a cacicazgos
independientes. El territorio de Benito Juárez pertenecía
al cacicazgo de Ecab, que se concentraban en la costa del Golfo. Lo que
hoy es Cancún era en aquella época un campamento de agricultores.
De los cacicazgos existentes en Quintana Roo, Ecab fue el primero en jurar obediencia al conquistador Francisco de Montejo. En el período colonial solamente funcionaron en la región encomiendas dedicadas a la producción agrícola, debido a la ausencia de minerales. La Guerra de Castas (1847-1902) no causó en la zona mayores repercusiones.
A partir de la creación del territorio de Quintana Roo en 1902, comenzó a funcionar la Compañía Colonizadora, cuya sede era la Hacienda de Santa María, hoy Leona Vicario. Aquí se tenía la producción de chicle y del llamado 'palo de tinte' que se transportaba por ferrocarril a Puerto Morelos, para trasladarse a la isla de Cozumel y comercializar los productos al exterior.
Luego de la Segunda Guerra Mundial, la producción chiclera tuvo un marcado descenso y la zona quedó sin alternativas económicas hasta que a fines de los años sesenta se inicia el desarrollo turístico. En 1974 se inauguró el primer hotel del lugar. En ese año, Quintana Roo se convierte en Estado y cambia su división política así, se crea el municipio de Benito Juárez con territorios que antes eran de Isla Mujeres.
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