Atoyatempan significa en idioma nahua 'al margen del Río Atoyac'. Era un asentamiento humano popoloca, después fue invadido por los Mixtecos, luego sometido por los nahuas y en 1521 por los conquistadores españoles. El poblado se formó con los trabajadores de las haciendas de Santiago y Acatzizimitla en la época colonial. Hacia 1835 los pobladores de Atoyatempan adquirieron dichas haciendas.
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