En la época prehispánica formó parte del cacicazgo que se extendió por las riveras del Lago de Chapala.
En 1765 perteneció al curato de Zahuayo (Sahuayo), era conocido como San Miguel Guarachita y su vicaría administraba más de 1,500 feligreses
Se constituyó en Municipio el 10 de diciembre de 1831, con el nombre de Guarachita.
En 1900 se registró un fenómeno geológico de importancia, dado que surgieron pequeños volcanes que arrojaban lodo sulfuroso e hirviente. La población los llamó 'los Negritos' y al terminar el fenómeno la laguna quedó llena de agua sulfurosa que subsiste a la fecha.
En 1935 se le cambió la denominación por la de Villamar, nombre que actualmente conserva, en honor a Don Eligio Villamar, héroe de Churubusco durante la intervención norteamericana.
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