La población data de tiempos prehispánicos y formó parte de una de las culturas más antiguas de la región, denominada 'Chupícuaro', que se asentó en las riveras del lago de Cuitzeo. Recibieron la influencia de los teotihuacanos y pretarascos. Posteriormente fueron sometidos por los tarascos, a los que tributaban.
Según la tradición, antes de la llegada de los conquistadores españoles, el Cazonci, máximo gobernante de los tarascos, dirigiendo un ejército, marchó hacia el rumbo de Yuriria-Púndaro para combatir a las tribus que realizaban incursiones en este lugar y después de derrotarlas, el ejército victorioso tomó el camino de regreso por el rumbo del Lago de Cuitzeo, deteniéndose en un lugar ubicado a la orilla de dicho lago, para participar de las fiestas que se celebraban en honor a la victoria obtenida. El cazonci escuchó numerosos discursos en su honor y de acuerdo con la tradición, a partir de ese momento el lugar se denominó Huandacareo.
Fueron conquistados por los españoles, pasando a formar parte de la administración de los monjes agustinos, quienes establecieron en ese lugar una hacienda que absorbió toda la fuerza de trabajo indígena local. Civilmente, durante el período colonial, perteneció a la población de Cuitzeo, y era considerada como uno de los lugares más fértiles, producían maíz, trigo y verduras.
Al finalizar el siglo XVIII, la población experimentó un incremento demográfico, que lo llevó a constituirse en parroquia. Durante el movimiento de Independencia, fue saqueada la población para la obtención de alimentos.
Al término de la guerra insurgente, la población se mantenía de su trabajo en la hacienda, que siguió en manos de los agustinos.
En este período producían maíz y era uno de los principales productores de cochinilla y cebolla.
Durante la guerra civil entre liberales y conservadores, las poblaciones de la zona de Cuitzeo, influenciados por los monjes, se manifestaron a favor de los conservadores. Por la expropiación de los bienes eclesiásticos, la hacienda pasó a manos de particulares.
En la Ley Territorial del 10 de diciembre de 1831, Huandacareo aparece como tenencia del municipio de Cuitzeo, elevándose a la categoría de Municipio, el 28 de noviembre de 1919, por la Ley Territorial.
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