Durante la época prehispánica Xiquilpan fue un centro cultural, agrícola y comercial importante; prueba de ello son los descubrimientos arqueológicos hechos en la toma de El Otero. Por la lengua de sus habitantes, es posible deducir que hayan sido nahuatlacas y que fueron conquistados probablemente en el año de 1450, por los sucesores de Tariácuri: Irepan, Tanganxoan e Hiquíngare.
En el siglo XVI llegó a Jiquilpan Nuño de Guzmán. Los franciscanos tuvieron a su cargo la evangelización de la población, para lo que establecieron una doctrina, organizaron al pueblo en barrios y con el apoyo de los indígenas edificaron el templo y el convento. Para el siglo XVII, se establecieron en este lugar cofradías. Posteriormente, en el siglo pasado el corregimiento se transformó en Alcaldía Mayor.
Para 1822 Jiquilpan contaba con curato secular y ayuntamiento constitucional y de acuerdo con la división territorial que hizo el Congreso, quedó comprendido dentro del departamento de Zamora.
Se constituyó en municipio el 10 de diciembre de 1831.
La cabecera municipal se elevó a rango de Ciudad el 16 de abril de 1891, con el nombre de Jiquilpan de Juárez.
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