Los estudios realizados por el Dr. Joseph B. Mountjoy en su '€œProyecto Tomatlán de Salvamento Arqueológico'€ revelan que 2000 años antes de Cristo ya había asentamientos humanos en esta zona, pero se ignora su procedencia.
En efecto los restos de cerámica más antiguas encontradas en el sitio denominado '€œLa Pintada'€ corresponden al período Preclásico temprano o '€œFormativo'€ (2000 años A.C.), período de siembras de maíz, frijol y calabazas, permitieron el establecimiento de pueblos y aldeas.
La tradición nos dice que alrededor de 1324 llegó a este valle una numerosa tribu de origen náhuatl, procedente de la sierra del Nayar, dando origen a numerosos asentamientos entre los que se encuentra Tomatlán.
Según la '€œCrónica Miscelánea de la Santa Provincia de
Xalisco'€Â, la llegada de los españoles se dio el Lunes
Santo de 1525 al mando de Francisco Cortés de San
Buenaventura. Tomando la voz del Cronista Fray Antonio
Tello :'€ÂLa víspera habían dormido en un pueblo del
cacique de Piloto y después de recorrer un grande
llano, donde encontraron infinita gente embelesada
salía a verlos, llegaron a un Río Grande, donde estaba
un pueblo llamado Tomatlán y que parecía tener como
10,000 indios. Salió el pueblo y sus caciques a
recibirlos en son de Paz, con Bailes y Plumerías,
llevando coronas y escapularios, pues pertenecían a la
Provincia de coronados del Tuito. Se alegraron de su
venida y los hospedaron lo mejor que pudieron. Se
detuvieron aquí a celebrar Semana Santa y Pascua.
En el cerrito que está atrás de la Parroquia había un
'€œCue'€ o adoratorio pagano el cual fue destruido y en su
lugar levantaron una iglesia de '€œPajarete'€ que bendijo
Fray Juan de Villadiego. Bautizaron al Pueblo y al río
con el nombre de Pascua; aunque los naturales siguieron
conservando el nombre de Tomatlán así este pueblo quedó
sometido por Francisco Cortés de San Buenaventura quien
se dirigió posteriormente a Colima'€Â.
La región fue muy habitada. Diseminados en ella hubo numerosos pueblos ocupando en la actualidad el lugar de algunos, pequeñas rancherías.
En 1541 esta región se sublevó y tuvo que acudir con su gente Pedro de Alvarado, desde Santiago de Manzanillo, dos veces para combatir a los insurrectos. De 1533 a 1574, fue dado en encomienda a Juan Fernández de Híjar con asiento en la Villa de Purificación. El 15 de enero de 1725, se concedió a Tomatlán el título de pueblo, dotándolo de un fundo legal cuya extensión se iniciaba a partir del jacalito que servía de iglesia.
En 1825, Tomatlán ya tenía ayuntamiento y desde esa fecha perteneció al 6° Cantón de Autlán hasta 1878 en que pasa a depender del 10° Cantón de Mascota.
En el decreto número 224 del 30 de abril de 1871, ya se menciona a Tomatlán como municipalidad cuando junto con la de Talpa se conformaron en un departamento en el 10° Cantón, siendo esta última su cabecera.
El 8 de septiembre de 1945, se publicó el decreto número 5067 en el cual se disponía lo siguiente: '€œEn honor a la memoria del extinto General de División don Manuel M. Diéguez, a partir del día 15 de septiembre próximo, el hasta hoy Puerto de Chamela perteneciente al municipio de Tomatlán, llevará el nombre de Puerto de Chamela de Diéguez'€Â. Dicho puerto pasó, en noviembre de 1946, al municipio de La Huerta.
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