Antes que los españoles llegaran a estas tierras, los pueblos: Toluquilla, Zalatitán, Coyula, Tateposco, Tlaquepaque, Tapechi (Tepetitlán), y Tequepexpan, formaban con Tonalá un reino, gobernado por una mujer llamada Cihualpilli Tzapotzinco.
Estuvo habitado por indígenas tonaltecas y más tarde por los tecos que se encontraban en el lugar a la llegada de los españoles.
Era un poblado prehispánico asentado en un montecito donde construyeron casitas de zacate y apenas llegaba a los 500 habitantes.
En marzo de 1530, llegó a estas tierras Nuño de Guzmán y su gente, entrando por San Martín de las Flores, llamado antes Tlaxicoltzingo; al saber los naturales de la aproximación de los españoles, se dividieron en dos bandos, pues mientras la reina Cihualpilli y algunos señores opinaban por hacerles una recepción pacífica dado su invencible poderío, otros pretendían que se les resistiese.
Los partidarios de la paz mandaron al encuentro de los españoles una delegación integrada por nobles y gobernantes de los diversos pueblos del reino.
Del pueblo de Tlaquepaque iban Coyotl, Chitacotl y Tonatl; Xonatic, Cuauhuntin y Oceotl, del pueblo de Tetlán; Coyopitzantli del de Tzalatitán; Timoac y Oxatl, del de Atemaxac, Ipac, del de Ichcatlán, y Tzacamitl del de Xocotán, éstos con un obsequio de gallinas, huevos, miel, ahuacates, cebollas y algunos frutos para decirles que ya tenían noticias de su venida y que los esperaban amigablemente. Fue entonces Guzmán bien recibido por la reina de Tonalá, siendo ésta bautizada con el nombre de Juana Bautista Danza, este nombre resultó ganador de una rifa que hicieron de nombres tales como Petra, Micaela y Juana, Danza, por que ella dispuso una danza en honor de los españoles.
Antes de entrar a la ciudad, ésta, mandó a varios de sus hombres a requerir a los rebeldes quienes obtuvieron por respuesta una gran gritería y una lluvia de flechas. En forma valiente los que se oponían se enfrentaron al ejército de Guzmán, cuando éste les requirió la paz y el resultado del encuentro fue desfavorable para los naturales de la tierra. Todos los rebeldes estaban capitaneados por el señor de Tetlán, Tlaquitehuitli, también por los nobles indios Cuautipizahuac, y Catipamatac. Así, el 25 de marzo de 1530, Nuño de Guzmán tomó posesión del reino de Tonalá y naturalmente de los pueblos sujetos, entre ellos Tlaquepaque.
En 1548, el poblado recibe el nombre de San Pedro, por sugerencia de Fray Antonio de Segovia y durante la colonia y todo el siglo XIX, sólo con ese nombre se le conoció. Desde la segunda mitad del siglo XVI adquirió el carácter de corregimiento sujeto a la jurisdicción de la ciudad de Guadalajara. Asentados los españoles en Guadalajara empezaron a ejercer control político y religioso en los pueblos aledaños, y las autoridades de la incipiente Perla Tapatía ordenaron que San Pedro habría de entregar un tributo de acuerdo con el número de habitantes y en concordancia con sus ocupaciones. Así, de esa manera, en 1551 vinieron y dejaron clara la orden al encomendero de que religiosamente se cumpliera con ese tributo. San Pedro, de acuerdo al mismo censo que se levantó para la transacción del impuesto, tenía 1416 habitantes viviendo en 177 jacales. El tributo que impusieron fue de cuatro cargas de yerba al día; diez gallinas de Castilla, diez cargas de leña y cinco indios de servicio a la semana; treinta mantas, cuarenta tapatíos, veinte pares de cotaras, seis panes de sal y dos jarros de miel, cada dos meses; cuatrocientas hanegas de maíz y veinte hanegas de chile, cada año.
En el año de 1600, San Pedro, tenía menos habitantes que Toluquilla, que hoy pertenece a Tlaquepaque. Don Alonso de la Mota y Escobar dice: '€œsaliendo, pues, de Guadalajara por el camino que cae más hacia el oriente, se va al pueblo de San Pedro de cien vecinos indios...'€Â
Hacia 1621, San Pedro era doctrina de religiosos franciscanos del convento de Guadalajara.
La mañana del 26 de noviembre de 1810, Hidalgo hizo su entrada a San Pedro donde lo obsequiaron con un espléndido festín y por la tarde entró triunfante a la capital.
En 1821, Tlaquepaque es la cuna de la proclamación de la Independencia de Jalisco, por el brigadier Pedro Celestino Negrete, ya que el documento es firmado en la villa el 13 de junio del mismo año.
Conforme al decreto del 27 de marzo de 1824, San Pedro pertenecía al Departamento de Guadalajara.
En 1825, San Pedro aparece registrado como pueblo con ayuntamiento que comprendía a los pueblos de San Andrés, Santa María, San Sebastián; estando sujeto al Departamento y 1er. cantón de Guadalajara, desde esa fecha.
El célebre don Manuel López Cotilla, funda en Tlaquepaque las primeras escuelas oficiales para ambos sexos, esto en 1835.
En 1843, San Pedro tenía ya categoría de Villa y comprendía tres ranchos. Por decreto numero 366 del 27 de septiembre de 1873 se erige una directoría política en la villa de San Pedro comprendiendo los pueblos de San Andrés, Tetlán, Tateposco, Santa Ana Tepetitlán, San Martín, Toluquilla, San Sebastianito y Santa María.
La Reforma: el 14 de febrero de 1858 Juárez llegó a Tlaquepaque, siendo recibido por los comisionados de los tres poderes. El 22 de marzo del mismo año se firmaron en Tlaquepaque unos acuerdos, según los cuales, las fuerzas victoriosas no perseguirían a quienes habiendo coadyuvado al sostenimiento de la legalidad permanecieran en Guadalajara, se mantendría a los militares en sus empleos y las fuerzas que guarnecían Guadalajara quedaban bajo las órdenes del ejército restaurador. Estas proposiciones firmadas por los comisionados de ambos bandos han pasado a la historia como Los Tratados de Tlaquepaque.
1860: El 12 de abril las tropas del general Pedro Ogazón acamparon en San Pedro en espera de las de López de Uraga, a las que se unieron el 23 para atacar Guadalajara el 24 de mayo, la plaza estaba defendida por el general Adrián Woll. El 23 de septiembre llegaron a Tlaquepaque las fuerzas de González Ortega y Zaragoza donde se incorporó Ogazón y el 26 amagaban nuevamente a Guadalajara con 20 mil hombres, y la plaza cayó. Aún así, el 2 de noviembre, Ogazón desalojó al jefe conservador Jesús Ruiz, apodado El Colimilla.
Desde fines del siglo XIX, esta municipalidad empezó a ser llamada San Pedro Tlaquepaque; así lo demuestra el decreto número 1061 del 17 de septiembre de 1904 que estipula lo siguiente: '€œLa Comisaría de Santa Anita, del Municipio de Tlajomulco, pertenecerá en lo sucesivo al de San Pedro Tlaquepaque'€Â.
En 1917 el Lic. Manuel Aguirre Berlanga, gobernador de la entidad, decretó que el municipio se llamara solamente Tlaquepaque. Sin embargo, a través de los años se le sigue llamando San Pedro Tlaquepaque; por tradición. Oficialmente el municipio se denomina Tlaquepaque, tal como se asienta en la Ley Orgánica Municipal vigente en Jalisco.
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